Свои иноческие подвиги о. Иоанн начал в 23-летнем возрасте в 1955 году в знаменитой Глинской пустыни, которая была недалеко от его родной деревни и переживала тогда пору своего расцвета. В ней подвизались тогда такие великие старцы, как схиархимандрит Андроник (Лукаш), схиархимандрит Серафим (Амелин), схиархимандрит Серафим (Романцов). Именно с ними сразу духовно сблизился молодой подвижник. Особенно близок был Иоанн схиархимандриту Андронику, который, впервые встретившись с ним, сказал: «Вот никогда его раньше не видел, а он самый родной мне человек».
Старчество как способность открывать людям волю Божию, провидеть их сокровенные мысли и чувства и вести истинным, единственно верным, спасительным путем было даровано о. Иоанну еще в молодости. Именно поэтому духовно опытные Глинские подвижники с первых дней поступления его в обитель стали посылать к новоначальному послушнику богомольцев, а настоятель обители схиархимандрит Серафим (Амелин), пользовавшийся огромным духовным авторитетом, против обыкновения сразу же благословил его отвечать на многочисленные письма, поступавшие в обитель от тех, кто просил совета, духовного наставления и помощи ...
Уже в те годы проявилась тесная связь о. Иоанна с духовным миром. Настоятель схиархимандрит Серафим после своей блаженной кончины не раз являлся ему во сне в полном облачении и наставлял его.
После закрытия Глинской пустыни в 1961 г. о. Иоанн, по благословению старца Андроника, поступил в Московскую Духовную Семинарию. После окончания Семинарии он продолжал обучение в Духовной Академии. Тогда же ему было вверено духовное окормление преподавателей и студентов.
Именно здесь в полной мере раскрылись способности и пастырские дарования о. Иоанна, который с первых дней проявил себя опытнейшим духовником. Он имел доступ к сердцу каждого и говорил: «Только любовью можно постигнуть внутреннюю жизнь других людей и войти с ними в тесное духовное общение». Он возвращал падшим людям образ Божий, умел заставить их плакать слезами покаяния, слезами возрождения к новой духовной жизни. Силой любви он прозревал душу человека, открывал затаенные помыслы, забытые грехи, прозревал будущее. Часто батюшка отвечал не на тот вопрос, который задавал человек, а на ту мысль, которая была главной в душе вопрошающего. Дар проникновения в тайники человеческих сердец удивлял многих и побуждал всецело отдаваться его руководству, у людей появлялась уверенность, что старец лучше их знает, в чем они нуждаются и что им полезно. В наше время, когда люди не имеют ни внешнего, ни тем более внутреннего мира, неоценим дар батюшки передавать это духовное сокровище ближним, умирять и умиротворять их души.
Схиархимандрит Иоанн был плодовитым духовным писателем и проповедником. С 1974 г. в различных изданиях опубликовано около шестидесяти его работ.
Погребен старец на кладбище в г. Сергиев Посад. На могилке его люди высказывают старцу все свои скорби и радости, помыслы, сомнения и, укрепляясь его молитвами, получают, по вере своей, исцеление, вразумление, разрешение своих недоумений, душевный мир.