Александр Павлович Лопухин родился 10 октября 1852 года в семье священника Саратовской епархии. В 1878 году окончил Санкт-Петербургскую Духовную Академию и как знаток английского языка был направлен псаломщиком для служения в русской посольской церкви в Нью-Йорке. Вскоре после отъезда в «Церковном вестнике» были напечатаны «Путевые заметки русского псаломщика». Неся послушание в Америке, Александр Павлович сотрудничал в американском журнале «The Oriental Church Magazine», издававшемся при церкви. Через два года он вернулся на родину. По возвращении Александр Павлович издал «Жизнь за океаном: очерки религиозной, общественно-экономической и политической жизни в США», «Религия в Америке», «Римский католицизм в Америке: исследование о современном состоянии и причинах быстрого роста Римско-Католической Церкви в Соединенных Штатах Америки». Это сочинение было представлено им на соискание степени магистра богословия.
В 1883 году Александр Павлович занял кафедру сравнительного богословия в Санкт-Петербургской Духовной Академии, а в 1885 году, после выхода в отставку профессора А.И. Предтеченского, перешел на кафедру древней истории, которую занимал до конца жизни.
Александр Павлович сделал очень много для русского духовного просвещения. В 1886—1887 годах он издал и напечатал перевод произведений бывшего капеллана королевы Виктории Фаррара «Жизнь Иисуса Христа», «Жизнь и труды св. Апостола Павла». В переводе Лопухина были изданы также труды Фомы Кемпийского, Г. Ульгорна и других. По отзыву современника, «в свои переводы, всегда высоколитературные, Лопухин вносил освещение событий с точки зрения православного богослова». Им был издан перевод полного собрания Творений святого Иоанна Златоуста, первые шесть томов этого издания вышли под его редакцией.
С 1886 года, в течение шестнадцати лет, Александр Павлович вел в «Церковном вестнике» отдел заграничной летописи, а в 1892 году он был избран редактором «Христианского чтения», а затем и редактором «Церковного вестника». В должности редактора этих академических журналов он проработал десять лет. С 1893 года Александр Павлович состоял редактором и издателем журнала «Странник». По отзыву его сотрудника, «приближение к жизни и оживотворение религиозных идей и церковно-историчес-ких фактов — вот чем дышало редакторское руководство Александра Павловича». За годы работы его редактором существенно возросло число публикаций по Священному Писанию, общей церковной истории, литургике, церковной археологии, догматическому и нравственному богословию. А.П. Лопухин начал также издавать бесплатные приложения к журналу, которые рассылались подписчикам в качестве премий и сами по себе представляли научную ценность: «Жизнь и труды святых Отцев и Учителей Церкви», четырехтомный труд придворного протоиерея И.В. Толмачева «Православное Собеседовательное Богословие», «История Христианской Церкви в XIX веке», «Симфония на Ветхий и Новый Завет», «Православная Богословская энциклопедия, или Богословский энциклопедический словарь». В качестве приложения Александр Павлович начал издавать «Толковую Библию, или Комментарий на все книги Священного Писания Ветхого и Нового Завета». В первом издании Энциклопедического словаря Брокгауза и Ефрона Александр Павлович вел библейский и церковно-исторический разделы. С 1902 года он предпринял издание богословско-апологетических трактатов под общим заглавием «Христианство, наука и неверие на заре XX века». При его жизни подписчики получили критическое изложение лекций профессора А. Гарнака «О сущности христианства», апологетический трактат «Воскресение Христово как величайшее и достовернейшее из чудес». В дальнейшем работа над этими изданиями была продолжена его преемниками.
Благодаря такой обширной и разнообразной деятельности Александр Павлович Лопухин приобрел известность не только в России, но и за границей. Издания, на которых стояло его имя, пользовались доверием среди читателей. Главным трудом А.П. Лопухина по праву считается «Библейская история при свете новейших исследований и открытий». «По нашему глубокому убеждению, Библейская история может стать неисчерпаемым источником нравственного и высшего исторического воспитания для всякого более или менее способного к серьезной умственной жизни человека, — писал Александр Павлович в предисловии. — Всякая история есть воспитательница ума и сердца и учительница мудрости, но Библейская история в этом отношении стоит выше всех других историй, потому что предмет ее — центральные пункты духовной жизни человечества, и в ней раскрываются глубочайшие законы всемирно-исторического развития».
Усиленные занятия подорвали здоровье ученого. Александр Павлович Лопухин скончался 22 августа 1904 года и был погребен на Никольском кладбище Александро-Невской Лавры. В надгробном слове ректор Академии епископ Сергий сказал: «Его всегда будут вспоминать подписчики его журналов, бесчисленные читатели его литературных произведений, его книг, статей, наконец, его переводов, то есть все те, кого он, благодаря своему таланту изложения и знанию языков, сделал участниками или хотя бы созерцателями духовной, умственной жизни христианских народов». Некрологи опубликовали «Правительственный вестник», «Биржевые ведомости», «Тифлисский листок», «Виленский вестник», «Одесские новости», «Московские ведомости» и «Новости дня».