Протоиерей Геннадий Нефедов родился 12 апреля 1942 года в Москве. Воспитывался в семье деда — Андрея Козьмича Нефедова, бывшего одно время казначеем храма Преображения Господня в Богородском.
В годы учебы в средней общеобразовательной школе № 368 города Москвы прислуживал в алтаре и читал за Богослужениями в храме Воскресения в Сокольниках. После переезда семьи на жительство в Богородское пономарил в храме Преображения Господня в Богородском, а затем — в храме Знамения Божией Матери у Рижского вокзала.
Закончив в 1959 году общеобразовательную школу, в 1961–1964 годах служил в рядах Вооруженных сил СССР. После возвращения из армии был алтарником и чтецом в храме Знамения Божией Матери у Рижского вокзала.
В 1965 году поступил во 2-й класс Московской Духовной семинарии. С весны 1966 года нес иподиаконское послушание при епископе (ныне митрополите) Ювеналии (Пояркове), а затем — исполнял послушание келейника и иподиакона при митрополите Никодиме (Ротове).
В 1969 году, закончив семинарию, поступил в Московскую Духовную академию. В связи с перенесенной болезнью и поступлением в Академию освобожден от исполнения обязанностей келейника митрополита Ленинградского и Новгородского Никодима с 1 сентября 1969 года.
С 1969 по 1971 годы совмещал обучение в Академии с нештатным сотрудничеством в Журнале Московской Патриархии.
Весной 1971 года участвовал в подготовке и проведении Поместного Собора Русской Православной Церкви — 17 августа 1971 года Советом Московской Духовной Академии была выражена благодарность за понесенные труды.
С 1971 года нес иподиаконское послушание при Святейшем Патриархе Московском и всея Руси Пимене.
В 1973 году закончил Московскую Духовную академию со степенью кандидата богословия за диссертацию по кафедре Пастырского богословия на тему: «Значение опыта Церкви в жизни и служении пастыря» (руководитель — профессор протоиерей Алексий Остапов).
5 августа 1973 года вступил в брак с Ксенией Анатольевной Правдолюбовой.
После окончания Академии оставлен профессорским стипендиатом по кафедре Нравственного богословия (руководитель — профессор протоиерей Александр Ветелев) и назначен на должность дежурного помощника Инспектора семинарии. В этом же 1973 году начал преподавательскую деятельность в Московской Духовной семинарии как преподаватель Общецерковной истории во 2 классе, а с января 1974 года — Нравственного богословия в 3 и 4 классах.
9 сентября 1973 года в день памяти преподобного Пимена Великого в храме преподобного Пимена Великого города Москвы Святейшим Патриархом Пименом рукоположен во диакона и оставлен на иподиаконской должности посошника.
17 апреля 1975 года «во внимание к церковным заслугам» награжден орденом святого равноапостольного князя Владимира III степени.
3 мая 1975 года — в Великую Субботу — в Богоявленском Патриаршем соборе города Москвы Святейшим Патриархом Пименом рукоположен во священника с возложением набедренника, камилавки и золотого наперсного креста.
С сентября 1975 года по май 1976 года нес послушание чтеца Крестового храма Владимирской иконы Божией Матери при Московской Патриархии в Чистом переулке.
21 апреля 1976 года ко дню Святой Пасхи «за добросовестное и усердное несение пастырских обязанностей» в Богоявленском Патриаршем соборе города Москвы Святейшим Патриархом Пименом возведен в сан протоиерея.
С 1 сентября 1976 года Ученым Советом МДА определен преподавателем Нравственного богословия на III и IV курсах Академии.
13 октября 1976 года назначен настоятелем храма Ризоположения в Леонове города Москвы.
С 1 сентября 1979 года освобожден от должности дежурного помощника Инспектора семинарии.
С 1 сентября 1979 года решением Совета МДА освобожден от чтения лекций по Нравственному богословию на III и IV курсах Академии и в 3 и 4 классах Семинарии и назначен преподавателем Литургики в 3 классе Семинарии.
25 марта 1980 года «за плодотворные труды на пользу Церкви» награжден палицей.
18 ноября 1981 года указом Святейшего Патриарха Пимена назначен настоятелем храма Преображения Господня в Богородском, «с предложением восстановить полный порядок в Преображенском храме».
15 апреля 1982 года ко дню Святой Пасхи награжден правом ношения наперсного креста с украшениями.
С 1982 по 1991 годы — сотрудник редакции Журнала Московской Патриархии и редактор Богослужебного отдела.
3 апреля 1985 года «во внимание к усердному служению Святой Церкви» награжден орденом преподобного Сергия Радонежского III степени.
17 марта 1988 года «за плодотворные труды на пользу Церкви» удостоен награждения митрой.
17 октября 1990 года назначен настоятелем переданного Церкви храма Богоявления бывшего Богоявленского монастыря в Китай-городе — храм находился в аварийном состоянии, свод храма разрушен, барабан и купол отсутствовали.
10 декабря 1992 года назначен благочинным церквей вновь образованного Китай-городского округа города Москвы, в которое вошли «все православные храмы города, находящиеся в границах бывших стен Китай-города».
1 февраля 1992 года освобожден от преподавания в Московской Духовной семинарии и Регентской школе при МДА.
1 сентября 1992 года восстановлен в должности преподавателя Практического руководства для пастырей в 3 классе Московской Духовной семинарии и Основ православной нравственности в Регентской школе при МДА.
12 сентября 1993 года «во внимание к усердным трудам и в связи с 20-летием священнослужения» награжден орденом святого благоверного князя Даниила Московского III степени.
29 декабря 1993 года в дополнение к несомому послушанию назначается исполняющим обязанности настоятеля Патриаршего подворья в Китай-городе с храмами святителя Николая Мирликийского — «Красный Звон» и святых бессребреников Косьмы и Дамиана в Старых Панех, с поручением «озаботиться о скорейшем возвращении Церкви вышеуказанных храмов, а также принадлежащих им строений и земельных участков».
22 декабря 1994 года, в дополнение к несомому послушанию, назначен настоятелем вновь учрежденного Патриаршего подворья при воссоздаваемой часовне в честь Иверской иконы Божией Матери у Воскресенских ворот, что у Красной площади города Москвы, «с поручением забот о каноническом соответствии данной часовни и об оборудовании ее всем необходимым для возобновления в ней богослужений».
11 апреля 1995 года включен в состав вновь созданной Экзаменационной группы при Епархиальном Совете города Москвы под председательством протопресвитера Матфея Стаднюка для собеседования с лицами, поступающими в духовные учебные заведения.
В связи с происшедшими изменениями в административно-территориальном делении города Москвы и образовании новых благочиннических округов, 1 апреля 1996 года назначен благочинным церквей Покровского благочиннического округа города Москвы, включающего в себя храмы и часовни, расположенные в территориальных управлениях «Китайгородское» (исключая Казанский собор на Красной площади) и «Таганское» Центрального административного округа города Москвы.
26 февраля 1997 года за труды по восстановлению храма Богоявления в Китай-городе и плодотворное взаимодействие с городскими органами власти награжден государственной медалью «В память 850-летия Москвы».
7 октября 1997 года «во внимание к усердным трудам в Московской Духовной Семинарии и в связи с 55-летием со дня рождения» награжден орденом преподобного Сергия Радонежского II степени.
20 апреля 1998 года «за усердное служение Церкви Божией, административные труды в Покровском благочинии <...> стольного града и инициативу, проявленную по организации реставрационно-восстановительных работ по воссозданию былого благолепия в порушенной Святыне, организацию и открытие преподавания в учительской семинарии и в связи с 25-летием священнослужения» удостоен права служения Божественной Литургии с отверстыми царскими вратами до Херувимской песни.
С сентября 1998 года — Ректор Московской регентско-певческой семинарии при храме Богоявления в Китай-городе и ее преподаватель.
В 2000 году преподавал Литургику в Николо-Угрешской Духовной семинарии.
15 мая 2000 года за «организационное руководство работами по реставрации и воссоздание памятника архитектуры XVII века «Собор Богоявленского монастыря» (Богоявленский проезд, 2/6)» стал лауреатом конкурса на лучшую реконструкцию, реставрацию и строительство зданий в историческом центре Москвы, завершенных в 1999 году.
11 августа 2000 года награжден государственной медалью ордена «За заслуги перед Отечеством» II степени.
15 декабря 2000 года протоиерей Геннадий вновь утверждается благочинным храмов Покровского округа города Москвы, включающего в себя «все храмы и часовни, расположенные в территориальных управлениях (управах) «Китайгородское» и «Таганское» Центрального административного округа города Москвы с поручением попечения о Новоспасском мужском и Покровском женском монастырях».
Избирался членом Епархиального Совета города Москвы на срок с 15 декабря 2001 года по 14 декабря 2004 года.
12 апреля 2002 года, «во внимание к многолетним усердным трудам и в связи 60-летием со дня рождения», награжден орденом святого благоверного князя Даниила Московского II степени.
26 июня 2002 года, Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II направил поздравительное письмо «во внимание к многолетним усердным трудам и в связи с 60-летием со дня рождения».
3 мая 2003 года Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II направил поздравительное письмо, в котором поздравил протоиерея Геннадия с 30-летием священнослужения.
3 мая 2005 года «во внимание к усердным трудам и в связи с 30-летием священнического служения» награжден орденом преподобного Серафима Саровского II степени.
4 мая 2005 года награжден Памятной медалью «60 лет Победы».
В мае 2005 года «огромный вклад в воспитание подрастающего поколения» награжден Памятной юбилейной медалью «60 лет Победы в Великой Отечественной войне 1941–45 гг.».
С 20 февраля 2007 года по благословению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II включен в состав Государственной комиссии по вопросам помилования города Москвы.
17–18 мая 2007 года по благословению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II участвовал во II Всероссийской конференции «Семья, дети и демографическая ситуация в России».
18 мая 2007 года префектом Центрального административного округа города Москвы объявлена благодарность «за большой личный вклад по возрождению духовности и культуры в Центральном административном округе и в связи с 15-летием образования территориальных органов исполнительной власти города Москвы».
28 апреля 2008 года «за усердное служение Церкви Божией, просветительско-миссионерские труды и в связи с 35-летием священнослужения, к празднику святой Пасхи» удостоен права служения Божественной Литургии с отверстыми царскими вратами до «Отче наш...» В связи с тем, что на второй день Святой Пасхи Святейший Патриарх Литургию в Успенском соборе Кремля не совершал, награда была вручена 16 июня 2008 года — в день Святого Духа.