Николай Федорович Каптерев родился в 1847 году. Окончил курс в Московской Духовной Академии, где занимал кафедру всеобщей гражданской истории. В 1910 году избран членом-корреспондентом Академии наук по разряду историко-политических наук.
Состоял членом IV Государственной думы. Защитил магистерскую диссертацию на тему «Светские архиерейские чиновники в Древней Руси». Предметом его исследований были отношения Русской Церкви с Восточными Церквами в XVI—XVII веках. Степень доктора церковной истории была присуждена Николаю Федоровичу за сочинение «Сношения Иерусалимского патриарха Досифея с русским правительством».
В изложении причин, всего хода и оценки церковных реформ патриарха Никона Н.Ф. Каптерев далеко разошелся со всеми прежними исследователями. Однако бесспорную заслугу составляет выяснение вопроса о влиянии перемены наших обрядов при патриархе Никоне на возникновение раскола.
Работы Н.Ф. Каптерева написаны на основе изучения обширных архивных материалов, многие из которых он впервые ввел в научный оборот.
Николай Федорович Каптерев скончался в 1917 году.