Сразу же после окончания вечерни власти арестовали и заключили в тюрьму настоятеля, казначея, духовника, благочинного, двух иеродиаконов и двух монахов, и в обители остались иеродиакон, два монаха и послушники; по этой причине богослужения в монастыре прекратились.

19 июня 1919 года гроб с мощами преподобного Феодосия был снова вскрыт властями, а мощи помещены под стеклянный футляр и опечатаны. Уездные власти, опасаясь волнений среди населения, обратились с просьбой к губернским властям, чтобы те разрешили увезти мощи в Вологодский музей, а монастырь закрыть. Такое разрешение было получено, и ночью 26 сентября 1919 года мощи преподобного Феодосия были тайно перевезены в Вологду, а монастырь закрыт. Тысячи верующих Вологды и окрестностей направили ходатайства к властям с просьбой возвратить мощи в храм. В одном из ходатайств они писали: «Мы... знаем, что такое мощи. Мы почитали и почитаем их как останки дорогого для нас угодника Божия, который в своей земной жизни исполнением заповедей христианского учения, добрыми делами, смиренным поучительным житием, праведною кончиною и молитвенной помощью при жизни и по смерти утешал и утешает сердца верующих...». Но несмотря на обращения епископа и верующих, мощи преподобного Феодосия в то время не были возвращены.

В 1923 году власти арестовали епископа Александра; он был обвинен «в связи с монашеством и агитации» и осужден на шесть месяцев принудительных работ в концлагере. По возвращении из заключения преосвященный Александр получил назначение на кафедру в Симбирск, а затем был назначен епископом Симферопольским и Крымским и на этой кафедре прослужил девять месяцев. В 1928 году епископ Александр был возведен в сан архиепископа и назначен на Самарскую кафедру.

В начале тридцатых годов власти Самарской области закрыли многие храмы и произвели массовые аресты среди духовенства. Архиепископ видел — дело может дойти до того, что будут арестованы все священнослужители епархии и некому будет совершать таинства. И владыка стал рукополагать священников из среды благочестивых мирян. Некоторым из них он советовал устроить у себя в доме церковь, заранее собрав для этой цели иконы; одному из них, кузнецу Ивану Авдейчеву, устроившему в своем доме домашнюю церковь, высокопреосвященный Александр подарил икону в серебряной ризе.

В епархии среди духовенства возникло разномыслие относительно «декларации» митрополита Сергия, но архиепископ Александр не стал спорить с инакомыслящими и прибегать к дисциплинарным мерам. Благодаря его огромному авторитету, все священники остались в его подчинении, и в епархии удалось избежать смятения.

Летом 1933 года продолжились аресты среди духовенства Самарской епархии. Против владыки Александра было возбуждено дело; архиепископу шел семьдесят первый год, и ОГПУ оставило его на время проведения следствия на свободе, взяв с него подписку о невыезде. Власти обвинили высокопреосвященного Александра в том, что он являлся «руководителем контрреволюционной группы церковников... Неоднократно руководил нелегальными сборищами в своем доме... на которых давал антисоветские установки. Вел проповедническую работу в антисоветском духе, обрабатывал религиозных фанатиков для принятия ими сана попов. Вел антисоветскую агитацию среди крестьян, приезжавших к нему из деревни для подыскания попов».

В начале августа 1933 года следователь ОГПУ допросил архиепископа. Владыка, отвечая на вопросы следователя, сказал, что он действительно в последнее время часто рукополагал в священный сан, но разговоров с Целью «влиять на присутствующих в антисоветском духе» не вел. Проповеди в храме он действительно произносил, но только духовно-нравственного содержания. «Слов "сделал бы что-нибудь, да стар стал" не говорил... что "в колхозе крестьяне мрут с голода" не говорил... Не отрицаю, что мной было предложено старосте купить по просьбе дочери сосланного епископа два облачения с целью оказания ему материальной помощи».

23 августа 1933 года следствие было закончено, и 29 октября Особое Совещание при Коллегии ОГПУ приговорило архиепископа Александра к трем годам ссылки на Урал в Екатеринбургскую область. Вернувшись из ссылки, архиепископ поселился в Симбирске; в 1936 году переехал в Самару, где служил по благословению правящего Самарского архиерея в Петропавловском храме.

В 1937 году гонения на Русскую Православную Церковь усилились и почти все духовенство Самары было арестовано. 30 ноября 1937 года был арестован и архиепископ Александр. Свободных мест в следственной тюрьме не было, и подследственных содержали в бараках исправительно-трудовой колонии.

13 декабря 1937 года следователь допросил владыку.

— Вы арестованы за активное участие в подпольной контрреволюционной церковно-сектантской организации. Дайте по этому вопросу подробные показания.

—Я не принимал участия в подпольной контрреволюционной церковно-сектантской организации.