Святой Иоанн сумел противостоять козням злых духов, которых изгнал Именем Христа из пределов Мцхета. По молитве святого Иоанна на горе Заден заструился источник целебной воды. Получив откровение о своей смерти, преподобный Иоанн призвал к себе учеников - святого диакона Илию и святого Фаддея Степанцминдского, которым завещал похоронить его в тесной пещере на горе, на месте его подвигов. Причастившись Святых Тайн, преподобный Иоанн увидел отверстое небо и воинство бесплотных Сил Небесных со множеством святых. В духовном восторге он предал свою праведную душу Господу. Кончина святого Иоанна последовала между 557 и 560 годами, при Католикосе Макарии (553 - 569). Ученики его, позабыв завещание преподобного, в сопровождении сонма духовенства перенесли тело святого в монастырь у подножия горы Заден и положили его в особом склепе.
Но земля вокруг заколебалась и сотрясения ее не прекращались до тех пор, пока тело святого Иоанна не было положено в пещере на вершине горы, как завещал преподобный. В Х веке при Католикосе - Архиепископе Клименте (908 - 923) на южной стороне этой пещеры была построена церковь в честь Иоанна Крестителя, так что святые мощи Иоанна Зедазнийского оказались в ее приделе, у жертвенника. Они были прославлены многими знамениями милости Господней.