В советское время нетленные мощи святителя (фото мощей) выставлялись в музеях (существуют интересные воспоминания об этом у Анастасии Цветаевой). В семидесятые годы они экспонировались в музее религии и атеизма, располагавшемся в здании Казанского собора в Ленинграде. Когда появилась угроза их уничтожения из-за самодурства коменданта музея, мощи святителя были спрятаны в шлаковой засыпке чердака собора. В начале 1991 года бывший бригадир плотников, Аркадий Соколов, который участвовал в сохранении мощей, рассказал об истории захоронения и указал место. Для этого на чердак собора пришлось пробираться тайно. Второе обретение мощей произошло 28 февраля 1991 года. В этом же году родилась община во имя святителя Иоасафа Белгородского при детской инфекционной больнице №3 Санкт-Петербурга. Ныне нетленные мощи святителя находятся в Белгороде, в Преображенском соборе.